Esto se debe a que el control FileUpload no funciona con postback asíncronos.
Solución: Se debe agregar la siguiente linea en el codigo asp de la pagina:
<Triggers>
<asp:PostBackTrigger ControlID="BtnSubeArchivo"/>
</Triggers>
</asp:UpdatePanel>
Donde "BtnSubeArchivo" es el boton que guarda el archivo del FileUpload en el servidor web.
